结构生物学与计算机辅助药物设计

药明康德的结构生物学团队凭借其超凡的专业知识和能力为从基因设计到立体结构的测定提供最高质量的服务。我们团队拥有骄人的业绩,已成功完成多个蛋白质全新的晶体结构的测定。

服务能力

经验丰富的科学家

  • 拥有由诺贝尔奖得主实验室培养的且有十余年美国大型制药公司工作经验的团队领导人
  • 团队拥有具有多年海外工作经验的科学家以及在国内培养的科学家
  • 拥有许多药物靶標的研发经验

仪器

  • Mosquito 纳升级培养晶体的机器人
  • 7 个 AKTA(包括中试系统 (pilot)、快速纯化工艺开拓系统 (explorer)、纯化系统 (purifier)和快速高通量蛋白纯化工作站 (xpress))
  • ESI-TOF-MS、Q-TOF
  • 波浪式生物反应器(5 和 25 L)
  • 2.5L/10L Sartorius 50L SUB 高克隆
  • SSRF 上海同步辐射光源的合作使用权

质量控制

  • SDS-PAGE/IEF
  • 免疫印迹或氨基酸测序
  • HPLC
  • 质谱、DLS、CD
  • 生物化学检测
  • 内毒素控制

核心服务

结构服务

  • 使用 Mosquito 纳升级晶体培养机器人进行结晶筛选
  • 在上海同步辐射装置 (SSRF) 收集衍射数据
  • 应用 MR、MIR、SIR、MAD 和 SAD 方法(来)确定晶体结构
  • 应用 Coot、DS 和 Afitt 构建生物大分子立体结构模型, 应用CCP4 和 CNS进行三维的精修

现成的结晶服务

  • GSK3b、BACE、HCV 蛋白酶、NS5A、HIV 整合酶、CaMKII、LXR/RXR ,脱氢酶、CYP 3A4、以及它们与先导化合物的复合物

FBDD 服务

  • 具有独特构架的药明康德分子片段库
  • 使用 STD, WaterLOGSY 进行NMR初步筛选
  • 获取用于片段的药物设计 (FBDD)的apo 蛋白质的晶体并进行片段分子混合物的晶体浸泡
  • 应用X光晶体衍射的技术测定复合物的晶体结构
  • 根据结合力较弱的分子片段设计高效的配体

一体化服务

  • 从基因表达、结构测定到新配体设计

表达系统

  • 大肠杆菌、昆虫细胞、哺乳动物细胞

计算机辅助药物设计

药明康德致力于提供出色的计算机辅助药物设计 支持和服务,缩短新药研发的漫漫路程。经验丰富的杰出科学家采用先进的软件和硬件为各类药物靶标提供设计解决方案。

服务能力

经验丰富的科学家

  • 计算化学家技术熟练,科学素养深厚,拥有丰富的行业经验
  • 团队由具有丰富海外工作经验的领导以及国内著名院所培养的科学家组成

行业广泛使用的先进软件和硬件:

  • Schrodinger 程序包
    • Prime
    • Glide
    • QikProp
    • Phase
    • SiteMap
    • Jaguar
    • CoreHopping
  • Accelrys 程序包
    • Cerius 2
    • Catalyst
    • Discovery Studio
  • 三维立体图系统
  • 化学信息学
    • SciTegic Pipeline Pilot
    • MDL ISIS Host/Base/Draw
  • 数据库程序包
    • MDL
    • Reaxys
    • BeilsteinCrossFire / Reaxys
    • Thomason Pharma
  • 硬件
    •  具有 32 个 CPU 的 IBM 3950 服务器
    •  HP XW6600 工作站
    •  戴尔 Precision 工作站

核心服务

基于配体和基于结构的方法可支持药物化学一体化项目或单独项目:

  •  化合物库设计
  •  苗头化合物的产生及虚拟筛选
  •  化合物数据库管理
  •  构象分析
  •  药效团确定
  •  分子对接研究
  •  同源建模
  •  结合亲和力的 定量构效 分析
  •  ADME/Tox 特性的定量构效 分析
  •  基于结构的设计

药明康德计算机辅助药物设计团队联合药物化学团队共同为多个项目投入了大量的精力并取得了优异的成绩:

  • 新型核心药物分子模板的文库设计
  •  通过虚拟筛选产生高效的苗头化合物
  •  在未知靶标结构的情况下预测正确的活性物质结合模式
  •  通过设计化合物活性预测来排定合成工作的优先顺序
  •  对新的活性化合物进行骨架迁越
  •  通过定量构效关系分析和建模来帮助 HERG 结合性质的优化